As cavernas ferruginosas da Amazônia abrigam uma fauna altamente especializada: de visitantes ocasionais a espécies exclusivas do ambiente subterrâneo. A identificação e o monitoramento dessas espécies são essenciais para a definição de áreas de influência e para a proposição de medidas de proteção ambiental.
O projeto pretende superar os principais déficits de conhecimento taxonômico — como a ausência de descrição formal de espécies, a falta de dados sobre distribuição geográfica, a abundância e a resposta a fatores ambientais. Para isso, são empregadas abordagens inovadoras que combinam técnicas tradicionais de ecologia com ferramentas modernas de genética, genômica, bioacústica e modelagem de dados. Entre as estratégias adotadas, destacam-se o uso de códigos de barras de DNA e metabarcoding ambiental (eDNA), que permitem identificar espécies a partir de amostras de solo, água ou sedimentos, sem a necessidade de coleta direta de indivíduos. Também estão sendo geradas referências genéticas para invertebrados, morcegos e plantas associadas a cavernas, ampliando a base de dados disponível.